1980年8月21日，南昌铁路运输检察机关恢复重建，成立全国铁路运输检察院南昌分院，下辖南昌、福州、鹰潭三个基层院。1984年10月1日，分院随南昌铁路局撤销，所辖三个基层院隶属上海分院领导。1986年，鹰潭院随鹰潭铁路分局撤销，管辖并入南昌院。1996年南昌铁路局再次成立后，1997年8月20日成立江西省人民检察院南昌铁路运输分院，业务隶属江西省院领导，下辖南昌院；同步组建分院党组，受南昌铁路局领导。2004年，福州铁路分局与南昌铁路局合并，福州院划归分院领导，形成两级三院组织结构。2012年全国铁检机关属地管理改革，分院、南昌院移交江西省院属地管理；福州院人、财、物管理职权移交福建省院属地管理，分院继续领导业务工作。
